La détermination de la séquence d'acides aminés d'une protéine, l'étude des changements de conformation des protéines ainsi que l'étude des molécules complexes avec toute autre molécule non peptidique sont l'analyse de la séquence protéique. Les processus cellulaires d'un organisme vivant sont connus grâce à la découverte de la structure et de la fonction des protéines, permettant ainsi aux chercheurs de développer et de concevoir des cibles médicamenteuses. La spectrométrie de masse et la dégradation d'Edman sont les principales méthodes permettant de déterminer le séquençage des protéines. Ils ont le principal avantage de suivre en parallèle de grandes quantités de protéines, qui sont en outre des exemples et des réactifs rapides, mécanisés, pratiques, profondément délicats et économes. À ce stade, il s’agit d’une méthodologie prometteuse avec un large éventail d’utilisations pour l’exploration expérimentale et clinique.