La métagénomique est définie comme une branche de la génétique qui traite de l'étude du matériel génétique provenant d'échantillons environnementaux. Il s'agit de l'analyse génomique des micro-organismes par extraction directe et clonage de l'ADN. La métagénomique concerne l'étude des micro-organismes qui ne peuvent pas être cultivés. La métagénomique est devenue un outil puissant pouvant être utilisé pour analyser les communautés microbiennes, quelle que soit la capacité des organismes membres à être cultivés en laboratoire.
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