La biologie des populations est pertinente pour la phytopathologie car les maladies des plantes sont causées par des populations de parasites. Une lésion pathogène sur une feuille n’a pas d’impact économique ou écologique significatif. Une épidémie qui entraîne d’importantes pertes de récoltes implique des milliers, voire des millions d’infections impliquant une population entière de parasites et leurs plantes hôtes. Pour contrôler la maladie, un phytopathologiste doit développer des méthodes permettant de contrôler l’ensemble de la population pathogène. Il est donc important de comprendre la biologie des populations de phytopathogènes afin de développer des stratégies de contrôle rationnelles. Par rapport aux écosystèmes naturels, l’évolution des agents pathogènes des plantes dans les écosystèmes agricoles est généralement plus rapide en raison des monocultures à haute densité, de l’application à grande échelle de produits agrochimiques et du commerce international des produits agricoles.