L'écologie microbienne est l'étude des microbes présents dans l'environnement et de leurs interactions les uns avec les autres. Les microbes sont les plus petites créatures sur Terre, mais malgré leur petite taille, ils ont un impact énorme sur nous et sur notre environnement. L'écologie microbienne peut aider à répondre à certaines de nos questions les plus pratiques telles que « Comment pouvons-nous améliorer nos vies ? » ainsi que des questions fondamentales telles que « Pourquoi sommes-nous ici ? » L'écologie microbienne peut nous montrer notre place dans le cosmos : comment la vie est née et comment elle a évolué, et comment nous sommes liés à la grande diversité de tous les autres organismes.