Les organismes responsables des maladies infectieuses comprennent les champignons, les oomycètes, les bactéries, les virus, les viroïdes, les organismes pseudo-viraux, les phytoplasmes, les protozoaires, les nématodes et les plantes parasites. Il implique l'étude de l'identification des agents pathogènes, de l'étiologie des maladies, de l'impact économique des cycles de maladies, de l'épidémiologie des maladies des plantes, de la résistance des plantes aux maladies, de la façon dont les maladies des plantes affectent les humains et les animaux, de la génétique des pathosystèmes et de la gestion des maladies des plantes.