Journal de physiologie et pathologie végétales

Identification et analyse phylogénétique des contaminants fongiques du bananier in vitro en fonction de la séquence des régions ITS

Animasaun, D. A

La culture de tissus végétaux offre un moyen de production rapide de plantes exemptes de maladies en grandes quantités, mais la contamination fongique est une contrainte majeure à son application réussie. Cette étude a caractérisé, identifié et mené une analyse phylogénétique sur les contaminants fongiques de bananes cultivées in vitro en se basant sur la séquence des régions inter-espaces (ITS). L'ADN génomique a été extrait de la culture pure de contaminants fongiques. L'amplification par réaction en chaîne par polymérase et la séquence courte Illumina ont été réalisées à l'aide des amorces ITS1 et ITS4. Les séquences nucléotidiques ont été alignées pour un consensus et comparées à NCBI GenBank à l'aide de l'outil de recherche d'alignement local de base (BLAST). L'analyse des séquences à l'aide du logiciel MEGA 7 à une séquence de similarité plus élevée a identifié cinq Aspergillus spp., trois Penicillium spp., 1 de chacune des espèces Fusarium, Trichoderma et Cladosporium comme contaminants. La distance génétique globale entre les espèces de champignons était de 0,205 et la vraisemblance composite maximale de substitution de nucléotides a montré que la thyiamine est la plus stable. Les champignons ont été regroupés en trois groupes principaux à une distance génétique de 0,10, qui se subdivisent en cinq groupes. Un groupe et un sous-groupe de cinq souches d'Aspergillus ; un groupe principal de trois souches de Penicillium ; un groupe comprenant Fusarium chlamydosporum et Trichoderma viride ; et un seul champignon Cladosporium tenuissimum. Le groupe Aspergillus était phylogénétiquement lié à A. flavus et A. parrisclerotigenus, les espèces de Penicillium identifiées étaient étroitement liées à Penicellium citrinum tandis que le Cladosporium détecté s'alignait sur Cladosporium tenuissium et Phoma multirostrata. L'étude conclut que l'identification moléculaire des contaminants fongiques couvre les inconvénients des méthodes conventionnelles et que les informations fournies pourraient être utiles au développement d'un protocole de stérilisation spécifique et efficace pour minimiser la contamination pendant la procédure de culture in vitro.