C'est une sous-discipline de la protéomique qui implique l'application des technologies protéiques dans les aspects cliniques tels que les biomarqueurs pour voir comment le corps réagit à la prédiction thérapeutique. La protéomique clinique englobe tout ce qui concerne la modification normale des protéines jusqu'à la protéomique translationnelle. La protéomique clinique peut également être un outil puissant pour identifier les gènes responsables de maladies et comprendre le potentiel de développement de meilleurs tests de diagnostic et de pronostic, d'identification de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles et d'orientation vers une thérapie individualisée pour les patients.