La pharmacologie clinique est responsable des phases I et II, qui définissent la sécurité initiale, la tolérabilité, la cinétique, le métabolisme et l'effet biologique chez les patients, ainsi que le développement de nouvelles méthodologies pour l'évaluation à court terme de l'efficacité d'un médicament. Certaines entreprises intègrent également la pharmacocinétique clinique à la pharmacologie clinique. Il est rare que la pharmacologie clinique soit responsable de toutes les évaluations thérapeutiques complètes de phase II et III de nouvelles entités chimiques (NCE).
Mais cela ne devrait pas être une excuse pour que les pharmacologues cliniciens abandonnent leurs responsabilités. Le professeur Breckenridge pointe du doigt les critiques de la pharmacologie clinique qui affirment qu'elle ne peut être séparée de la médecine clinique. La même critique pourrait être adressée à la pharmacologie clinique industrielle. Comment un département d’un grand laboratoire pharmaceutique peut-il disposer de l’expertise nécessaire pour couvrir l’ensemble des programmes thérapeutiques exploratoires ?
Un autre rôle de la pharmacologie clinique réside dans ses relations de travail particulières avec les départements scientifiques précliniques, semblables à la fusion de la pharmacologie et de la pharmacologie clinique dans les départements universitaires. Il pourrait être renforcé en intégrant la pharmacologie clinique au côté recherche de l'entreprise, mais dans l'ensemble, il est préférable de le conserver au sein de la fonction clinique, car bon nombre de ses responsabilités concernent la bioéquivalence, les extensions de gamme, les produits combinés et les interactions médicamenteuses. La pharmacologie clinique dans l'industrie a un pied dans les deux camps de la recherche et du développement. Il agit comme un pont entre l'animal et l'homme, décide si une nouvelle entité chimique a un effet biologique et un potentiel thérapeutique, mais reste également profondément impliqué dans les étapes ultérieures du développement de médicaments nécessaires au développement complet d'un composé en vue d'un enregistrement mondial.