Les microbes du sol qui causent des maladies chez les plantes, les humains et les animaux sont appelés agents pathogènes du sol. Les agents pathogènes envahissants du sol affectent les communautés microbiennes utiles du sol et limitent la croissance et les performances des plantes. Les trois groupes importants de microbes ayant les effets les plus importants sur la composition et le fonctionnement de l'écosystème sont les pathogènes du sol (champignons, bactéries et virus), les parasites pathogènes du sol (nématodes), les symbiotes mutualistes et les décomposeurs.