La contamination du sol est une menace majeure pour le sol en raison des produits chimiques industriels et agricoles xénobiotiques (fabriqués par l'homme) et d'autres éliminations inappropriées des déchets, provoquant une altération du mécanisme naturel du sol et de l'environnement du sol. Ces contaminants ont des demi-vies plus longues et modifient généralement le microbiote du sol impliqué dans les activités métaboliques des plantes.