L’association mutualiste positive entre les communautés végétales et fongiques est essentielle à la croissance et à l’amélioration de la résistance aux agents pathogènes des plantes hôtes. Les principales associations mycorhiziennes potentielles signalées dans différents types de champignons mycorhiziens sont les mycorhizes arbusculaires, les ectomycorhizes, les mycorhizes éricoïdes et les mycorhizes d'orchidées jouent un rôle clé dans la dynamique de l'écosystème végétal et du sol. L'analyse par pyroséquençage des racines est l'une des techniques avancées utilisées pour étudier les communautés fongiques associées aux racines.