Les interactions entre la plante hôte et ses pathogènes (bactéries, champignons, virus, oomycètes et nématodes) sont décrites comme des interactions plante-pathogène. Des méthodes génétiques et statistiques avancées sont utilisées pour le développement de plantes résistantes aux maladies. Agents pathogènes végétaux les plus étudiés : bactéries ( Pseudomonas syringae , Xanthomonas campestris ), champignons ( Colletotrichum destructivum , Botrytis cinerea , Golovinomyces orontii ), oomycètes ( Hyaloperonospora spp. ), viraux (virus de la mosaïque du chou-fleur (CaMV), virus de la mosaïque de la tomate (TMV)) et nématode ( Meloidogyne incognita , Heterodera schachtii ).
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