La microbiologie vétérinaire traite des diverses maladies microbiennes (bactériennes, fongiques, virales) chez les animaux, en particulier ceux qui fournissent de la nourriture, d'autres produits utiles ou de la compagnie. Les études sur la résistance aux antimicrobiens sont également incluses dans les différentes études de microbiologie animale. Les maladies microbiennes des animaux sauvages sont également étudiées en microbiologie animale si les infections présentent un intérêt particulier en raison de leur relation avec l'homme (zoonose) et les animaux domestiques. Les microbiologistes vétérinaires sont des médecins spécialisés dans l'étude des micro-organismes responsables de maladies infectieuses chez les espèces animales. Ils participent souvent au développement de vaccins, de médicaments et d’autres produits de santé animale. Les microbiologistes vétérinaires sont chargés d'étudier une variété de micro-organismes pathogènes, notamment des virus, des bactéries et des parasites. Ils mènent des études de recherche et publient les résultats dans des revues à comité de lecture.