Journal des sciences vétérinaires et du diagnostic médical

Analyse de tendance par groupe basée sur la base de données de séquençage profond pour explorer le mécanisme de réponse des cellules endothéliales de la veine ombilicale porcine à l'infection par le virus de la peste porcine classique

Xiaocheng Gong, Xin You, Xuepeng Li, Aoxue Hu, Zhongxing Wu, Jun He et Pengbo Ning

Les cellules endothéliales sont l'une des principales cibles de l'infection par le virus de la peste porcine classique (CSFV) qui cause la peste porcine classique (CSF). Bien que la pathogénèse de la CSF soit étudiée depuis longtemps, la nouvelle méthode est toujours nécessaire pour élucider le mécanisme sous-jacent. L'analyse génomique basée sur le séquençage profond offre la possibilité d'études plus approfondies du mécanisme d'infection par le CSFV. Une analyse de tendance par cluster et une analyse bioinformatique ont été développées pour interpréter les réponses génétiques significatives des cellules endothéliales au CSFV dans ce travail. Les gènes clés contribuant au CSFV Shimen ont été identifiés, différant de l'infection par le CSFV C et du contrôle. L'analyse GO (ontologie génétique) et KEGG a suggéré que l'infection par le CSFV Shimen a provoqué des changements dans les processus biologiques tels que la séquestration cytoplasmique de NF-kappaB, la régulation du processus apoptotique et la voie de signalisation du récepteur de type Toll 4. Il y a eu une réponse significative de la voie de signalisation PI3K-Akt, de la myocardite virale, de la voie de signalisation de la prolactine, etc. pendant l'infestation par Shimen. L'analyse des tendances basée sur la base de données de séquençage en série et en cluster pour le séquençage en profondeur a permis d'obtenir une meilleure interprétation du virus CSF de Shimen, ce qui a fourni des informations plus précieuses pour comprendre le développement du LCR.