Journal des sciences vétérinaires et du diagnostic médical

Étude des souches du virus de la bronchite infectieuse par RT-PCR en temps réel et séquençage du gène S1 chez les poulets de chair

Engin Alp Onen et Yakut Ozgur

Dans cette étude, l'objectif était de détecter le virus de la bronchite infectieuse (IBV) à partir d'échantillons d'écouvillons trachéaux de poulet par RT-PCR en temps réel, qui s'est avérée être une méthode de détection de virus rapide et sensible. Les relations phylogénétiques dans différentes souches de terrain et variantes d'IBV par séquençage des régions hyper variables (HVR) du gène S1 d'IBV ont été déterminées. Des écouvillons trachéaux ont été prélevés sur 120 poulets de chair présentant des signes respiratoires, de manière aléatoire. Les échantillons ont été inoculés dans les liquides allantoïdiens (FA) d'œufs de poule embryonnés SPF. Les ARN ont été extraits par FA. Les ARN ont été traduits en ADNc ss. La RT-PCR en temps réel a été réalisée avec une sonde Taqman doublement marquée, des paires d'amorces IBV 5 GU391 et IBV5 GL533. Des résultats positifs ont été obtenus dans 33 échantillons sur 120 (27,5 %) par RT-PCR en temps réel. Les ADNc des échantillons positifs ont été utilisés pour l'amplification des HVR (régions hyper variables) dans la région du gène S1 avec les amorces C2U et Ag0723. Les échantillons ont également été amplifiés par les amorces S1 5'mod et CK2. Les produits de RT-PCR ont été séquencés directement. Les résultats du séquençage ont été comparés à la base de données nucléotidique du NCBI. Les résultats du séquençage ont été mis en correspondance avec certaines souches variantes d'IBV dans la base de données des banques de gènes à un taux de 72 à 86 %. Ces résultats confirment que nous sommes confrontés à des souches variantes d'IBV. De plus, nous avons observé de nombreuses mutations SNP dans l'alignement. Cette étude montre que les oiseaux peuvent être infectés par des souches variantes d'IBV à un taux de 27,5 %, bien qu'ils aient été vaccinés par un vaccin de type classique. Ces résultats démontrent que la vaccination par des souches vaccinales classiques d'IBV ne peut pas fournir une protection croisée suffisante contre les souches variantes. Par conséquent, des épidémies de la maladie surviennent toujours dans les troupeaux vaccinés. De plus, nous avons constaté que ces amorces ne suffisent pas pour séquencer et classer toutes les souches de terrain du virus de l'IBV. Ainsi, des amorces différentes doivent être développées et des paires d'amorces supérieures à deux doivent être utilisées. Dans cette expérience, nous avons constaté que la charge virale est plus importante dans les AF que dans les échantillons prélevés sur écouvillon en raison de la réplication du virus de l'IBV dans les AF d'œufs SPF. Nous avons observé un nanisme et des hémorragies chez des embryons de poulet âgés de 14 jours.