La limnologie est l'étude des interrelations structurelles et fonctionnelles des organismes des eaux intérieures - lacs (eau douce et saline), réservoirs, rivières, ruisseaux, zones humides et eaux souterraines, à mesure que leurs environnements physiques, chimiques et biotiques dynamiques les affectent.
La discipline limnologique intègre les relations fonctionnelles de croissance, d'adaptation, de cycles nutritifs et de productivité biologique avec la composition des espèces, et décrit et évalue comment les environnements physiques, chimiques et biologiques régulent ces relations.
Le mot limnologie est dérivé du grec limne – marais, étang et du latin limnaea – chose appartenant à un marais.
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