L'évolution moléculaire est le processus de changement dans la composition des séquences du matériel génétique dans les populations d'organismes. Le matériel génétique est constitué d’ADN, d’ARN et de protéines à travers les générations. La révolution de la technologie de l'ADN a constitué une avancée majeure car la nature même de l'ADN lui permet d'être utilisé comme document d'histoire évolutive. Les comparaisons des séquences d'ADN de divers gènes entre différents organismes peuvent nous renseigner sur les relations entre organismes qui ne peuvent pas être correctement déduit de la morphologie. Un problème certain est que l’ADN lui-même est un document historique dispersé et fragmentaire et nous devons nous méfier des effets des changements dans le génome qui peuvent fausser notre image de l’évolution de l’organisme.