La pharmacodynamique clinique est l'étude des effets biochimiques et physiologiques des médicaments et de leur mécanisme d'action au niveau des organes ainsi qu'au niveau cellulaire. La pharmacodynamie clinique désigne l'action d'un médicament sur l'organisme, y compris l'interaction avec le récepteur, les phénomènes dose-réponse et le mécanisme d'action thérapeutique et toxique. Les médicaments agissent soit par récepteur, soit par non-récepteur, ou en ciblant des modifications génétiques spécifiques. Stimulation, dépression, irritation, remplacement, action cytotoxique, action antimicrobienne, modification du statut immunitaire, autant de types d'action médicamenteuse. Les enzymes, les canaux ioniques, les récepteurs couplés aux protéines G et les transporteurs sont des types de mécanisme d'action du médicament.