Journal de gestion de la biodiversité et de foresterie

Diversité du microbiome des champignons endophytes à travers les gradients latitudinaux du feuillage du sapin de Douglas (Pseudotsuga menziesii) de la côte ouest

Hazel Daniels, Jed Cappellazzi et Jim Kiser  

La recherche sur le microbiote forestier est loin derrière celle sur les cultures agricoles. La compréhension des complications hôte-pathogène est illustrée par la défoliation des forêts dominées par le sapin de Douglas. Bien que liée à Phaeocryptopus gaeumannii, l'étiologie de la maladie contraste considérablement avec les effets connus auparavant. Les variables climatiques et la source des graines ont été suggérées comme causales, mais le nombre d'endophytes potentiels rend problématique la ségrégation d'un seul pathogène pour la chute des aiguilles. Un plan de blocs randomisés a été utilisé pour évaluer les populations d'endophytes entre les sources de graines le long d'un gradient latitudinal dans le cadre d'une étude de provenance réciproque du sapin de Douglas. Les aiguilles ont été stérilisées en surface et soumises à une culture sur plaque. Des colonies fongiques isolées ont été identifiées par séquençage Sanger et analysées par BLAST. Les différences dans la source des graines et le gradient environnemental ont été analysées par le rapport de cotes logarithmiques tandis que les relations communautaires ont été identifiées par des analyses de cluster à deux facteurs. Des modèles mixtes linéaires ont été utilisés pour évaluer l'erreur aléatoire associée aux données sur la source des graines. Quarante-six isolats uniques de 39 taxons ont été identifiés. Les taux d'infection pour toutes les aiguilles étaient de 39 %, allant de 5 % à 60 % parmi les sources de semences. Les taux d'infection étaient plus élevés pour les aiguilles non sources sur trois sites. Les analyses de la structure communautaire ont montré des relations entre les unités d'échantillonnage et les espèces d'endophytes et il existe de solides preuves de l'influence du type de source de semences sur la relation entre les variables de continentalité et le nombre moyen d'endophytes. L'ordination démontre certaines preuves de différences entre les communautés d'endophytes entre les sites, surmontant toute influence fournie par le type de source de semences. Cette étude élargit la liste connue antérieure des endophytes du sapin de Douglas et décrit les structures des communautés fongiques en fonction des variables environnementales et de la provenance de la source de semences. Cette étude a démontré que la biodiversité fongique est très variable dans le feuillage du sapin de Douglas et peut être influencée par des variables environnementales, notamment la provenance de la source de semences ou le climat du site de culture. L'intérêt pour les communautés du microbiome conduira inévitablement à des avancées dans les pratiques de gestion.