L'analyse des séquences est un domaine de recherche biologique dans lequel les éléments génomiques de formes de vie distinctes sont examinés. L'analyse de séquence peut incorporer l'alignement de séquence, le regroupement d'ADN et d'autres repères structurels génomiques. Lors du séquençage manuel, la réponse se produit dans quatre tubes uniques, chacun contenant un ddNTP alternatif. En conséquence, le tube contenant du ddATP aura des sections qui se termineront toutes par une adénosine (A), le tube contenant du ddGTP aura des morceaux qui se termineront par une guanine (G) et cetera.
Les éléments des quatre tubes continuent de circuler dans des trajets parallèles d'un gel. La figure de droite montre les conséquences du séquençage manuel. Les résultats du séquençage de l'ADN peuvent être imaginés à la lumière du fait que l'échantillon initial est marqué d'une marque radioactive. Lorsqu'elle a été présentée à un morceau de film X-beam, la radioactivité a révélé le film apparaissant comme une bande terne. La succession est ensuite parcourue à partir du film par le scientifique ou le spécialiste. Les résultats de la succession sont empilés en quatre chemins parallèles sur un gel. Dans cette illustration, le premier chemin contient les éléments de la réponse contenant ddCTP.
De cette manière, chaque bande qui apparaît dans ce chemin s'adresse à un élément de séquençage qui se termine par un C. Le gel isole les éléments de séquençage en tenant compte de leur taille ; les petites sections traversent le gel plus rapidement que les autres morceaux. Les quatre chemins sont parcourus ensemble dans une hiérarchie de niveaux, de la base (le plus petit) au battement (le plus grand). La ligne bleue suit la demande de lecture des groupes et la succession des sections est démontrée sur le côté. La réponse dans le séquençage mécanisé est fondamentalement la même que dans le séquençage manuel.
Il existe deux contrastes principaux : le marquage et la lecture. Dans le séquençage informatisé, les éléments sont marqués d'une couleur fluorescente plutôt que d'un nom radioactif. Il existe quatre couleurs fluorescentes, chacune se comparant à un ddNTP alternatif ; ddATP est vert, ddTTP est rouge, ddCTP est bleu et ddGTP est jaune. De cette manière, chaque section a une ombre alternative à son extrémité en fonction du nucléotide final (ddNTP). Cela permet aux résultats du séquençage de continuer à fonctionner sur un trajet solitaire d'un gel plutôt que sur quatre trajets parallèles.
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