Le Journal of Vaccines & Clinical Trials suit un système d'évaluation par les pairs en simple aveugle dans lequel les évaluateurs connaissent l'identité des auteurs, mais les auteurs ignorent l'identité des évaluateurs. Il y a au minimum quatre évaluateurs pour chaque article de chaque numéro.
Chaque manuscrit soumis a été soumis à un contrôle de qualité préliminaire par le bureau de rédaction, suivi d'un processus d'examen par les pairs externe. Habituellement, le contrôle qualité préliminaire s'effectue dans un délai de 7 jours et porte principalement sur le formatage de la revue, les normes anglaises et la portée de la revue.
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