Les Rapports de microbiologie médicale suivent un système d'évaluation par les pairs en simple aveugle selon lequel les évaluateurs connaissent l'identité des auteurs, mais les auteurs ignorent l'identité des évaluateurs. Il y a au minimum quatre évaluateurs pour chaque article de chaque numéro.
Chaque manuscrit soumis a été soumis à un contrôle de qualité préliminaire par le bureau de rédaction, suivi d'un processus d'examen par les pairs externe. Habituellement, le contrôle qualité préliminaire s'effectue dans un délai de 7 jours et porte principalement sur le formatage de la revue, les normes anglaises et la portée de la revue.